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1、傳染病蟲害 家畜農(nóng)家肥中含有大腸桿菌、線蟲等病菌和害蟲，直接使用會導(dǎo)致病蟲害的傳播，作物發(fā)病，對食用農(nóng)產(chǎn)品的人體健康也產(chǎn)生影響；未腐熟的雞糞在土壤中發(fā)酵時，容易滋生病菌與蟲害的發(fā)生。
2、發(fā)酵燒苗 發(fā)酵不充分的家畜農(nóng)家肥施到地里后，當(dāng)發(fā)酵條件具備時，便開始發(fā)酵，若發(fā)酵部位根部較近，且作物植株較小，發(fā)酵產(chǎn)生的熱量會影響作物生長，嚴(yán)重時導(dǎo)致植株死亡。
3、酸化果園土壤 家畜農(nóng)家肥是強(qiáng)酸性肥料（PH值為3.6~4.7），因此在果園里施用酸性家畜農(nóng)家肥無異于"雪上加霜"，造成果樹爛根、黑根、黃葉、樹勢早衰、黃化病，嚴(yán)重時導(dǎo)致柑橘植株死亡。
4、毒氣危害 在分解過程中產(chǎn)生甲烷、氨等有害氣體，使土壤和作物產(chǎn)生酸害和根系損傷，更重要的是產(chǎn)生的乙烯氣體有抑制根系生長的作用，也是燒根的主要原因。
5、土壤缺氧 有機(jī)質(zhì)在分解過程中消耗土壤中的氧氣，使土壤暫時性的處于缺氧狀態(tài)，會使作物生長受到抑制。
6、肥效緩慢 未發(fā)酵腐熟的家畜農(nóng)家肥中，養(yǎng)分多為有機(jī)態(tài)或緩效態(tài)，不能被作物直接吸收利用，只有分解轉(zhuǎn)化成速效態(tài)，才能被作物吸收利用。所以未發(fā)酵直接施用使肥效減慢。
7、重金屬超標(biāo) 家畜農(nóng)家肥中含有很高量的銅、汞、鉻、鎘、鉛、砷等重金屬，還有較多的激素殘留，造成農(nóng)產(chǎn)品重金屬超標(biāo)，給食品安全、農(nóng)業(yè)產(chǎn)業(yè)的可持續(xù)發(fā)展埋下隱患。
8、利用不便、效率低 未經(jīng)處理的家畜農(nóng)家肥，不易運(yùn)輸，體積大，有效成分低，使用成本高。有機(jī)物向腐殖質(zhì)轉(zhuǎn)化的時間較長，養(yǎng)分流失嚴(yán)重。
9、氯化鈉（食鹽）超標(biāo) 據(jù)統(tǒng)計每立方米的家畜農(nóng)家肥就含有5公斤的氯化鈉（食鹽），如果一畝地的氯化鈉含量超過10公斤，作物將極難生長。
